g_K1 Error "unrecognized parameter"

Question

I'm trying to run a simulation in which I change the g_K1 value using the following: '-imp_region[0].im_param', "g_K1*0.65" but I'm getting an error that says g_K1 is an unrecognized parameter... does anyone know what might be the problem?

Answer 1

This depends on the ionic model you are using. Following the standard nomenclature, the parameter should be called GK1 instead of g_K1: https://git.opencarp.org/openCARP/openCARP/-/blob/master/physics/limpet/models/README.md

You can look in the .model file in the source or use bench to learn about the available parameters for a specific model:

bench --imp=Courtemanche --imp-info                                                                                                                                                                                              

Ionic model:

------------

Metadata:

Authors: Courtemanche, M., Ramirez, R. J., and Nattel, S.

Year: 1998

Title: Ionic mechanisms underlying human atrial action potential properties: insights from a mathematical model

Journal: Am. J. Physiol. 275(1 Pt 2), H301-H321

DOI: 10.1152/ajpheart.1998.275.1.H301

Name: Courtemanche

Parameters:

                            ACh 1e-06

                            Cao 1.8

                              Cm 100

                            GACh 0

                            GCaL 0.1238

                            GK1 0.09

                            GKr 0.0294

                            GKs 0.129

                            GNa 7.8

                            GbCa 0.00113

                            GbNa 0.000674

                            Gto 0.1652

                              Ko 5.4

                            Nao 140

                      factorGKur 1

                      factorGrel 1

                      factorGtr 1

                      factorGup 1

                    factorhGate 0

                    factormGate 0

                    factoroaGate 0

                    factorxrGate 1

                        maxCaup 15

                        maxINaCa 1600

                        maxINaK 0.6

                        maxIpCa 0.275

                          maxIup 0.005

State variables:

              Ca_rel

              Ca_up

                Cai

                  Ki

                  d

                  f

                f_Ca

                  h

                  j

                  m

                  oa

                  oi

                  u

                  ua

                  ui

                  v

                  w

                  xr

                  xs

Comments

Thanks! It worked for me.